Bioforsk
Frederik A. Dahls vei 20,
1430 ÅS

Sentralbord: 03 246
(Man-fre frå kl 0800 - 1500)

Ansvarleg redaktør:
Ragnar Våga Pedersen

Nettredaktør:
Morten Günther

Redigere nettsiden

Bioforsk har ikkje ansvar for innhald på eksterne nettsider som det er lenka til.

Bioinformatikk
Hva er Bioinformatikk? Bioinformatikk har ingen formell definisjon, men omfatter et tverrfaglig område der biologi, statistikk, matematikk og informatikk smelter sammen i ett nytt fagområde.

Behovet for dette nye faget har presset seg fram over tid, da utviklingen av nye teknologier, spesielt innen DNA sekvensering, har skapt enorme datamengder som man trenger spesialkompetanse, ny programvare og kraftige datamaskiner for å analysere. Hensikten er å skaffe ny innsikt i biologiske systemer.

Det finnes flere retninger innen bioinformatikk, som 1) utvikling og implementering av verktøy for å få tilgang til og håndtere ulike typer informasjon, 2) utvikling av nye algoritmer og statistikk for å vurdere sammenhenger i store datasett, og 3) analyse og tolkning av ulike typer data, inkludert DNA og aminosyre sekvenser, proteindomener og proteinstrukturer. Det er kun nivå 3 vi arbeider med her på Bioforsk.

bioinformatikk figur 1 copy.jpg

Figur. Eksempler på sekvensanalyse fra "next generation sequencing" og microarray. (Klikk på bildet for en noe større versjon)

Forskningen på bioinformatikk foregår på senteret Bioforsk Plantehelse. Vi er i startfasen av å benytte denne teknologien i forskningen, og driver nå med forskjellige prosjekter hvor bioinformatiske verktøy blir benyttet.

Next generation sequencing

  • Ved hjelp av 454 pyrosekvensering studerer vi transkriptomet til Fusarium langsethiae, en viktig mykotoksin-produserende sopp som er problemer i korn (se for øvrig temaside "Fusarium og mykotoksiner i korn" (link)). Dette gjøres for å få ny innsikt i soppens biologi.
  • Pyrosekvensering benyttes også for å gjøre metagenom analyser av mikroflora i jord behandlet med ulike kjemikalier. Hvordan forandrer sammensetningen av populasjonene seg i forhold til en ubehandlet kontroll? Se for øvrig temaside "Ecogenomics".


Microarray

  • Analyse av genutrykk hos soppen F. graminearum under infeksjonsprosessen i hvete. Der finner man egenskaper som er viktig for å skape sykdom, som kanskje kan benyttes i fremtidig bekjempelse av soppen.
  • Analyse av genutrykk i en mutant hos soppen F. graminearum som ikke skaper sykdom og heller ikke produserer mykotoksiner.


EST annotering

  • Vi har i flere prosjekter benyttet teknikken SSH (Suppression Subtractive Hybridization), der hensikten er å studere genuttrykk spesielt for en organisme i et samspill, eller for spesielle organeller i en art.


Prosjekter

  • Mycotoxin contamination in oats, - characterization of the infection process by the major T-2 and HT-2 toxin producer Fusarium langsethiae (2008-2012)
  • BILAT 2007 - North America - Bilateral cooperation in Fusarium Genomics to reduce mycotoxin contamination
  • Bioavailability and biological effects of chemicals - Novel tools in risk assessment of mixtures in agricultural and contaminated soil (2008-2012)
  • Phytophthora diseases in Rosaceae: Plant resistance and plant-pathogen interactions (2007-2011)
  • Attractive host plant volatiles and genetic regulation of the olfactory response in the control of apple fruit moth, Argyresthia conjugella (2007-2011)
  • Acaricid resistens i veksthusspinnmidd, Tetranychus urticae (2005-2010)
a a a