Bioforsk
Frederik A. Dahls vei 20,
1430 ÅS

Sentralbord: 03 246
(Man-fre frå kl 0800 - 1500)

Ansvarleg redaktør:
Ragnar Våga Pedersen

Nettredaktør:
Morten Günther

Bioforsk har ikkje ansvar for innhald på eksterne nettsider som det er lenka til.

Molekylær diagnostikk av planteskadegjørere
Det første og viktigste trinn i bekjempelse av planteskadegjørere er en korrekt identifisering av skadegjøreren enten det er en bakterie, sopp, virus, nematode eller et insekt. Selv om en del skadegjørere kan diagnostiseres ved en visuell inspeksjon, er det mange som krever omfattende laboratorietesting for sikker identifisering.

Metoder basert på deteksjon av arvestoff (DNA eller hos enkelte virus RNA) har vist seg å være svært nyttige i diagnostikken. Nært beslekta mikroorganismer er ofte krevende å skille morfologisk, men enkelte områder av arvestoffet deres er allikevel forskjellig og kan benyttes til å skille mellom artene. I mange tilfeller vil det også være mulig å identifisere underarter, stammer og utviklingsstadier som ikke kan skilles morfologisk.

DNA-baserte tester er raske å utføre slik at man kan få et sikkert svar på en prøve i løpet av 1-2 dager, og de er også meget sensitive. Det betyr at svært lite materiale av skadegjøreren er nødvendig for påvisning, og det er fullt mulig å påvise en skadegjører uten synlige symptomer på planta.

Biogenetikk Molekylær diagnostikk 1.jpg

Vi jobber blant annet med utvikling av nye tester for identifisering av planteskadegjørere i tillegg til rutinetesting for planteskadegjørere, etter oppdrag fra forvaltning og næringsliv. Rutinetestingen foregår som en integrert del av Planteklinikken ved Bioforsk Plantehelse. Utvikling av nye tester foregår i nært samarbeid med forskere som har spesialkompetanse på de aktuelle skadegjørere. I tillegg til identifisering av skadegjørere brukes disse teknikkene i forskning der man studerer forekomst og utbredelse av skadegjørere samt i studier av plante- og mikrobe-samspill.

Metoder
Den viktigste teknikken som ligger til grunn for DNA-basert diagnostikk i dag, er såkalt PCR (eng. polymerase chain reaction). Dette er en teknikk for oppformering av små mengder DNA til millioner med identiske kopier av bestemte deler av DNA, som deretter relativt enkelt kan påvises. DNA delen som oppformeres bestemmes av to oligonukleotider (primere) som er komplementære til endene til DNA som skal oppformeres. Den største utfordringen med å utvikle DNA-baserte tester er å utvikle gode primere, siden det er disse som gjør testen spesifikk for skadegjøreren man ønsker å identifisere. Ny utvikling på utstyrssiden har også gjort det mulig og enkelt bestemme mengden av et patogen i en jord-, vann- eller planteprøve, vha såkalt real-time PCR. Med denne metoden detekteres DNA-kopiene etter hvert som de produseres vha et innebygget fluorimeter. Fluorescensen stammer fra spesifikke prober som binder seg til PCR-produktet. Dermed unngår man etterarbeid som er nødvendig for vanlig PCR, og reduserer risiko for kontaminering mellom prøver.

I de tilfeller der nye planteskadegjørere dukker opp i Norge, og vi ikke har ferdig utviklede DNA-tester, kopierer vi opp bestemte områder av DNA og bestemmer basesekvensen av disse områdene (sekvensering). Søk med DNA-sekvensen i offentlige databaser gjør oss på denne måten i stand til å bidra til identifisering av ukjente arter for Norge.

a a a